蛟河市水系属松花江和牡丹江两个水系，河流发育呈树枝状分布。全市共有河流89条，中型水库3座、小Ⅰ型水库14座、小Ⅱ型水库89座。全市年均降水量698.3毫米，水资源总量19.51亿立方米，其中地下水1.99亿立方米。主产鲤鱼、鲫鱼、草鱼、鳌花、鲫花、鳊花和岛鲢等20多种经济鱼类，年产6600余吨。