(一) 、综合办公室: 负责处理机关日常政务、事务工作;局长办公会、局行政重要会议、重要活动的组织;重要事项的督查督办;目标责任制的制定;负责调研、公文处理、文字综合、政务公开、机要保密、档案、印信管理、议案提案处理、信息、来信来访、公务接待、机关保卫、后勤服务、综合协调及社会治安综合治理等项工作。
负责贯彻执行国家有关人事、劳资、教育、安全方面的方针、政策和法律法规;局属单位编制、工资管理、人才交流、智力引进、大中专毕业生接收、复转军人安置、职工培训、职工奖惩、交通科技、保险福利、技术职称申报评定、职工扶贫及安全监督管理工作。
负责局机关和局属单位的党务、群团工作;局党委会议的记录;指导局属单位党的思想、组织、作风建设,并组织实施;考核、调整、任免局管干部以及青年干部的选拔和培养;发展、教育、管理党员;负责宣传报道(信息)和指导思想政治工作;负责离退休干部管理工作;负责党风、党纪、党性教育和纪检监察工作;负责精神文明建设、社会治安综合治理、普法和工会工作。
(二)、财务审计科: 贯彻执行会计法及现行的财务管理规章制度;指导交通行业财务会计和审计工作;管理专项资金、预决算和利用外资的有关财务工作;负责局属单位的财务审计监督;局属单位行政负责人任期目标、离任审计及局机关财务管理工作。
(三)、公路科: 贯彻落实有关公路、水陆交通基础设施建设工程管理的法律、法规和规章;负责公路、水陆建设项目的设计审查批复、招投标管理;组织实施重点公路、水陆建设项目管理;维护交通建设市场的公平竞争秩序;负责公路、水陆重点建设项目竣(交)工验收。